專家指出，目前我國小水電開發管理中主要存在三大問題：一是規劃滯后，環評缺失。目前各地上馬的小水電項目大多沒有編制流域開發規劃，即使制訂了規劃也沒有統籌考慮發電、生態保護等目標，造成對小流域的過度無序開發超過生態環境承載極限。二是開發權混亂，項目審批不嚴。由于國家沒有明確各級政府對小水電開發的管理權限，造成各地小水電開發權管理混亂。近年來不按程序報批，無立項、無設計、無驗收、無管理的水電站明顯增多。三是監管缺位，違法普遍。2006年國家環保總局下發了《關于有序開發小水電，切實保護生態環境的通知》，但某些地區對小水電的管理并沒有落到實處，違法違規現象依然嚴重。一些小水電建設存在“邊建邊報”、“未批先建”等違法現象，一些新編的中小河流水電規劃甚至沒有環評的規定：一些小水電項目雖已辦理項目環評手續，但污染防治設施和生態保護措施未能與主體工程同時建設和落實。
有消息稱，鑒于目前國內小水電開發投資的無序局面，有關部門正醞釀采取措施，推動對小水電的整治，具體措施將包括：加強管理，提高“入門建站”資格；建立生態補償機制和水能資源有償開發制度，降低開發商回報率。有關部門認為，降低小水電投資回報率是有效遏制違規無序開發小水電的必要舉措。專家指出，小水電的投資熱潮主要源于近年來全國性的電荒，在相關職能部門監察不力和經濟利益的誘惑下，許多商家把投資小水電作為資本擴張的首選項目。在福建等地區，創辦一個小水電的審批手續簡單得出人意料，還有一些開發商繞過審批部門，違規建站。
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