一是結構優化、資金保障的投入機制。整合前，區財政支農資金投入有限，地方政府和企業甚至連一些上級要求配套的項目資金也很難保證，而且投入結構也不盡合理，“撒胡椒面”，突出不了重點；整合后，由于市、區、企業資金必須統一到位，列入專戶，減少了撥付環節，資金到位慢、投入不足的問題一定程度上得到了緩解，提高了資金效率。而且，資金投入的重點由地方自主決定，可以按照地方發展規劃和重點，因地制宜，有利于集中力量辦大事。
二是管理集中、部門聯動的協調機制。整合前，政府對三農的投入渠道有水務、農業、財政等部門，農業財政支出分部門管理。造成不同渠道的投資在使用分配、實施范圍、建設內容、項目安排等方面有一定程度的重復和交叉。存在管理多頭分散、條塊分割、政出多門的現象，難以發揮整體效益；整合后，成立了由區委區政府領導為組長、各有關單位為成員單位的支農資金整合領導小組，由領導小組協調各部門單位，形成了集中管理、集體決策、政出一門、部門聯動的良性工作機制。
三是規范安全、公開透明的運作機制。整合前，財政支農資金項目申報和實施過程中，各有各的流程和要求，有些項目存在一定的盲目性和隨意性，甚至有為爭取資金弄虛作假的現象。整合后，建立完善了一系列規章制度，做到了統一申報立項，統一組織實施，統一協調建設，統一資金管理，統一竣工驗收的“五個統一”，實行全過程陽光操作，并向社會公開，接受社會監督。
四是因地制宜、科學發展的創新機制。整合后，充分發揮了各方積極性，開拓創新，由以前的各部門分散管理轉變為由支農資金領導小組統一協調管理，并且加入了審計、紀檢監察部門，做到全程跟蹤管理和監督；出臺了一系列政策文件，保障了項目和資金的效率和安全；結合本區實際，對整個項目的申報、立項、實施到驗收后的績效評估進行了流程再造和創新，形成了科學合理的工作流程圖，提高了工作效率和效能。
五是政府務實高效、作風優良的長效機制。通過整合，政府部門在角色轉換和作風建設上有了很大提高，支農資金整合加強了各涉農部門間的協調配合，相關部門從以前注重爭資金、爭項目，轉變為對全區的農業整體規劃和對“三農”問題進行調研思考上來，以及從現代農業項目建設和新農村建設相結合的Cye.com.cn角度上來細化完善支農資金整合工作；加強了對項目的管理和對項目單位的服務，通過減少資金撥付環節，協調和解決項目單位碰到的實施過程中的如政府采購、相關技術問題等，有效克服了“缺位”和“越位”的現象。
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