2009年發布國家基本藥物目錄，包括基層醫療衛生機構配備使用和其他醫療機構配備使用兩個部分。已先期公布的《國家基本藥物目錄(基層醫療衛生機構配備使用部分)》(2009版)，包括化藥、中成藥共307個藥品品種。《國家基本藥物目錄(其他部分)》是目錄基層部分的擴展，將配合公立醫院改革試點盡快制定出臺。
基本藥物將全部納入政府定價范圍。基本藥物定價，既考慮企業有合理的利潤空間，鼓勵企業生產基本藥物，同時也要切實降低基本藥物價格，維護廣大人民群眾的利益。實行基本藥物制度的縣(市、區)，政府舉辦的基層醫療衛生機構配備使用的基本藥物實行零差率銷售。
實現基層醫療衛生全部配備使用基本藥物，是建立國家基本藥物制度的關鍵環節。各地將根據醫療衛生機構的診療范圍和確保服務功能，在目錄內配備藥品。其他各類醫療機構也必須按規定比例使用基本藥物。同時，規范醫療衛生機構用藥行為，確保基本藥物的合理使用；要同步落實好cye.com.cn基本藥物報銷政策，將基本藥物全部納入基本醫療保障藥品目錄，報銷比例明顯高于非基本藥物，降低個人自付比例，用經濟手段引導廣大群眾首先使用基本藥物。
為統籌城鄉區域發展，兼顧各地用藥水平習慣差異，積極穩妥地推進基本藥物制度的實施，在建立國家基本藥物制度初期，政府辦基層醫療衛生機構確需配備、使用非國家基本藥物目錄藥品，暫由省級人民政府統一確定，并執行國家基本藥物制度相關政策和規定。
民族自治區內配備使用國家基本藥物目錄以外的民族藥，由自治區人民政府制定相應管理辦法。患者也可以憑處方到零售藥店購買非基本藥物，納入報銷目錄的非基本藥物仍然可以得到報銷。
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