在資金支持上，方案表示還將調整科技支撐計劃、863計劃、科技基礎條件平臺等相關計劃的投入結構，形成持續穩定的經費支持渠道，保障技術創新工程重點任務的實施。創新財政科技投入支持方式。綜合運用無償資助、貸款貼息、風險投資、償還性資助、政府購買服務等方式，引導全社會資源支持企業技術創新。
方案提出，要建立科技金融合作機制。加強技術創新與金融創新的結合，發揮財政科技投入的杠桿和增信作用，引導和鼓勵金融產品創新，支持企業技術創新。加大對企業技術創新的信貸支持。通過貸款貼息等手段鼓勵和引導政策性銀行、商業銀行支持企業特別是中小企業技術創新。開展Cye.com.cn知識產權質押貸款和科技保險試點，推動擔保機構開展科技擔保業務，拓寬企業技術創新融資渠道。大力發展科技創業投資。加大科技型中小企業創業投資引導力度，引導和鼓勵金融機構、地方政府以及其他民間資金參與科技創業投資。
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