（二）從實際出發，建立起切實有效的內部控制制度
小企業內部控制應貫穿于整個企業的生產經營管理全過程，包括采購、生產經營、銷售、財務管理、研究開發、人力資源等各個方面。
1、重點解決企業內不相容職務分離問題
不相容職務分離指對不相容職務分別由不同部門或人員來辦理。不相容職務主要包括：授權批準與業務經辦、業務經辦與會計記錄、會計記錄與財產保管、業務經辦與稽核檢查、授權批準與監督檢查等。
企業在設計、建立內部控制制度時，首先應確定哪些崗位和職務是不相容的；其次要明確規定各個機構和崗位的職責權限，使不相容崗位和職務之間能夠相互監督、相互制約，形成有效的制衡機制。如前所述，小企業因其規模和人數的特殊性，無法做到專職專人負責，所以加強不相容職務分離控制，增加崗位設置的牽制性就顯得特別重要。例如，明確企業重大事項的決策程序，堅持按公司、企業章程辦事，防止個別人個人說了算；明確授權制度，對各個崗位要有明確的授權，各個職能崗位在授權范圍內履行職責；明確出納人員不得兼任稽核、會計檔案的保管和收入、支出、債權債務賬目的登記工作；企業財務專用章與法人代表私章由不同人員管理；財務專用章與銀行支票應由會計、出納人員分別保管；明確記賬人員與經濟業務事項和會計事項的審批人員、經辦人員、財物保管人員的職責權限，使之相互分離，相互制約；在正常情況下處理每項經濟業務全過程或者全過程的某幾個重要環節都規定要有兩個或兩個以上部門，兩個或兩個以上工作人員介入負責，起到互相制約的作用。如匯出一筆采購貨款,規定要由采購經辦人填寫清款單,供應計劃員(或供應部門負責人)審查清款數額、內容及收款單是否符合合同和計劃,會計人員審核清款單的內容并核對采購預算后,編制付款憑證,最后由出納員憑著手續完整的付款憑證辦理匯款結算(出納員開出匯款結算憑證,還要通過會計人員審核),整個過程要四人分工負責處理，從而達到相互牽制的目的。
2、內部控制制度的設計要考慮成本效益問題
任何控制行為都會發生一定的費用，同時，任何控制由于糾正了組織活動中存在的偏差，都會帶來一定的收益。從經濟角度分析只有當內控行為帶來的收益大于所發生的費用成本時，才是值得的。
小企業因規模大小不同，在控制系統上所能承擔的費用也不一樣，應根據實際需要，實施不同的內部控制制度。企業要合理地測算出控制成本和企業利潤的關系，在最大程度地發揮內控作用的同時，最大程度地降低成本，即效果最大化，成本最小化。這就要求內控必須在全面的基礎上，既要重點地進行控制，又要提高人員素質和技術，做到高效率運作，低成本支出，使企業在各個方面都能良性發展。因此，小企業的管理者要結合企業發展實際，充分考慮企業的性質、規模、生產工藝過程、管理模式等內容，努力在實踐中探尋出一個內控效果與內控成本相對合理的結構比例，構建一個簡單有效的控制系統，以防止錯誤和弊端的發生，提高辦事效率，實現最佳經營成果。
3、加強對內部控制制度實施情況的監查與考核力度，并建立有效的激勵機制
為了保證企業內部控制制度能有效的發揮作用，并使之不斷地得到完善，企業必須定期對內部控制制度的執行情況進行檢查與考核，看企業內部控制制度是否得到有效遵循，執行中有何成績，出現了什么問題，還可以通過會計師事務所等會計中介咨詢機構對本企業內部控制制度進行符合性測試，了解本企業內部控制中的不足，有針對性的加以改進，糾正內部控制中存在的缺陷、進而改進機制，使企業內部管理制度充分發揮監控效力。
企業內部管理制度是企業管理的基礎，只有嚴格按照制度辦事，做到一視同仁，獎懲明確，考核到位，善始善終，才能使內控走向制度化、規范化的軌道。企業內部管理制度本身又是一種監督制度，不但要對企業經營進行監督控制，還需對內控部門本身實施再監督，只有這樣才能使內控真正發揮作用。對于嚴格執行內部控制制度的，給予精神鼓勵和物質獎勵；對于違規違章的，堅決給予行政處分和經濟處罰，并與職務升降、薪金相聯系。只有做到壓力與動力相結合，才能最終實現內部控制的目的，把經營風險降到最低，就能促進整個企業健康、持續、快速發展。
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