“盈利模式存疑、雷聲大雨點小、抄襲工場……”自其高調成立以來外界的批評就一直沒有停止過。
“點心”和“豌豆莢”等產品雖有亮點，但不耀眼。創新工場沒出什么激動人心的明星項目；“豌豆莢”手機精靈只是網龍91手機助手軟件的“翻版”；“點心”手機操作系統只是谷歌Android系統的加強版，加入了一些滿足中國用戶需求的應用而已……各種質疑接踵而來。
而創新工場最新投資的知乎和點點網，也幾乎分別照搬了對應的國外模式Quora和Tumblr，甚至在界面上也保持高度一致。
這讓創新工場陷入了一場長久的公關危機之中。
李開復出面回應稱，作為一家風險投資，創新工場要選擇的是真正有潛力的項目，這些項目可能是前所未有的，也可能是受到已有模式啟發的。
“像蘋果和Google這樣的企業在中國很難出現，但中國同樣有很多成功的企業，例如騰訊，盡管外界關于他們有很多爭議，但他們是一家非常成功的企業，他們在受到美國的創意的啟發后，把眾多創意聚合在一起，通過微創新實現創新。
“不一定開發革命性的產品，但一定要符合中國用戶的需要，我們并不打算重復勞動。”李開復說，第一個發明者往往不是最后的贏家。Mosaic發明瀏覽器，但IE是贏家。LexisNexis很早就做了搜索，但谷歌是贏家，重點是誰能在正確的時機，把技術做到普及。
在網易科技專欄作家郭建龍看來，任何一個后進的經濟體都無法避免微創新時代。微創新實際上就是在抄襲的基礎之上作出一定的改動，以適應市場和避免知識產權糾紛。這實際上是一個學習、跟隨和超越的過程。
李開復的“商業帝國”夢
“通常來講，天使對項目沒有一個比較長期的控制力。以李開復的性格，光賺錢不是他的終極所求。投資不是李開復的終點，他的終點是一個‘商業帝國’。”新媒體、互聯網觀察者魏武揮這樣理解創新工場的轉型。
當年，盡管喬布斯出面挽留，李開復還是奔向了“下一站”微軟。而從谷歌全球副總裁兼大中華區總裁的高位上退下來僅三天，他就公布了創新工場的名字，開始了創業的生涯。
在創新工場成立之初，李開復為了降低運營成本，放下身段親自操辦了很多基礎事項，包括親自出馬交涉，以難以想象的歷史最低價格讓創新工場入駐清華科技園且擁有了400平方米的空間。而他則“省吃儉用”，機票訂的是經濟艙，去美國出差時預訂的是70美元一晚的快捷酒店。
對于創新工場來講，李開復無疑是個活招牌。“無論哪個公司或者項目需要商業談判或者融資，都要拉著開復一起去，有他在成功率就更高一些，而他也很樂意提供這樣的幫助。”“點心”一位內部員工告訴時代周報記者。
無論面對多少質疑，創新工場還是逐漸顯示出了一個“商業帝國”的雛形：在其孵化的10家公司中，包括手機操作系統“點心”、Android手機助手軟件“豌豆莢”手機精靈、移動應用統計分析工具“友盟”、移動平臺圖片處理解決方案提供商“魔圖精靈”、網頁游戲開發“行云”、Android應用商店“應用匯”、HTML5游戲公司“磊友”、輕博客“點點”、社交問答網站“知乎”、社會化營銷工具“樂啊”等等。
不僅如此，創新工場還加快了擴張的步伐。今年9月8日，創新工場上海基地正式啟動，同時宣布設立上海創業投資引導基金，首期募資2億元。
而據接近李開復人士透露，在創新工場上海基地成立之前，李還曾接到重慶、南京、杭州、深圳等城市邀請，未來創新工場或將繼續“擴張”。
就目前情況而看，李開復“商業帝國”的夢想或許主要寄托在移動互聯網上。眾所周知，移動互聯網“體量”十倍于傳統桌面互聯網。而李開復已經悄然開始布局，和雷軍以及百度、騰訊、阿里巴巴三巨頭搶占移動互聯網的“橋頭堡”。
“目前中國的移動互聯網仍然沒有達到很大的規模，因為除去塞班平臺上的用戶，國內深度移動互聯網用戶僅在5000萬的規模，但是到2012年隨著Android智能手機價格下降、智能手機普及率提升，將有數億的新用戶涌入，推動移動互聯網快速成長。”李開復判斷。
“點心”手機操作系統是創新工場用來“抵抗”馬云阿里云手機、雷軍小米手機的“重要武器”。
而在電子商務方面，創新工場至今鮮有涉及。李開復曾透露，創新工場的確研究過幾個奢侈品、團購項目，但最終并未投資。他認為，電子商務需要較強的貨源能力和線下基礎，這方面創新工場并沒有優勢。
另外，李開復看來，互聯網并非完全壟斷，創業者還有機會超越。
“比如今天沒有人會想到去做一個QQ，但是YY還是起來了。”他認為，市場是三維或者四維甚至更多維度，創業者總可以找到自己的位置；創業者還可以專注做一件巨頭不是特別關注或者擅長的事情；創業者可以尋找一個Disrup（范式轉移）機會，什么東西突然改變了，比如，過去大家做視頻都做不到，但是Youtobe把握那個時機就做成了。 
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