藥品技術轉讓，是指藥品技術的所有者按照《藥品技術轉讓注冊管理規定》的要求，將藥品生產技術轉讓給受讓方藥品生產企業，由受讓方藥品生產企業申請藥品注冊的過程。
就法律關系而言，藥品技術轉讓本應屬于買賣合同范疇，受《合同法》及其司法解釋調整。但由于我國對藥品企業和藥品本身均實行行政許可制度，而藥品技術轉讓必然導致某些行政審批事項的變更，因此，藥品技術轉讓在“合同自由原則”之上，還要滿足行政審批規定的限制性條件，甚至與企業股權結構相關聯。
把“藥品技術轉讓”定義為“申請藥品注冊的過程”是我國藥品管理法律制度的要求。為了保持與《藥品管理法》和《藥品注冊管理辦法》的立法統一，藥品技術轉讓必須通過藥品補充申請程序，取得《藥品補充申請批件》及新的藥品批準文號，以便有效監督和管理。然而，這種規定無疑增加了藥品技術轉讓的復雜性和不確定性，造成了一些企業的困擾和誤解。
一、藥品技術轉讓應當進行可行性研究和盡職調查
通常情況下，完成一個藥品技術轉讓項目需要三個階段。
第一階段：簽訂《藥品技術轉讓意向書》
該階段考慮的內容主要包括：藥品技術轉讓的禁止性規定；擬轉讓藥品技術的獨占性、競爭性和預期收益；品種的市場定位和產品周期；工業生產與商業流通的總體安排；目標公司履約能力和信譽；地方政府傾向性意見和可能涉及的行政程序等。《藥品技術轉讓意向書》應包括：技術轉讓條件；交易安排；共管賬戶或擔保；排他性協商；保密條款；正式文件簽署的成就條件等。
第二階段：簽訂《藥品技術轉讓協議》
該階段至少要完成三項主要工作：盡職調查、內部決策和正式談判。
1、盡職調查。要查清轉讓方公司沿革、治理結構、股權比例、資質證書、技術證明、經營狀況、資產評估、財務審計、法律風險等，重點對藥品技術的合法性、有效性和實用性進行核查，包括藥品技術審批機關和審批時間、是否由地方標準轉為國家標準、是否曾經或正在生產、品種劑型是否與受讓方《藥品生產許可證》載明的生產范圍一致、是否準備一次性轉讓品種所有規格等；
2、內部決策。要解決風險評估、可研報告、內部審批手續等；
3、正式談判。要對《藥品技術轉讓協議》的具體條款進行約定，包括項目名稱；技術的內容、范圍和要求；對價的形式（現金、資產、股權或其他）；履行的計劃、進度、期限、地點、地域和方式；技術情報和資料的保密；風險責任的承擔；驗收標準和方法；價款、報酬或者使用費及其支付方式；稅負承擔；違約金或者損失賠償的計算方法；解決爭議的方法；名詞和術語的解釋等。
第三階段：履行《藥品技術轉讓協議》
該階段要按照協議約定的交易步驟轉移技術和支付對價，是藥品技術轉讓是否成功的關鍵，也是對藥品技術“驗收標準和方法”的檢驗。若要保證協議順利履行，就要把“驗收標準和方法”約定得具體、詳細、便于操作，協議雙方應當參照《合同法》和《藥品技術轉讓注冊管理規定》的有關條款，約定“轉讓方應當將轉讓品種的生產工藝和質量標準等相關技術資料全部轉讓給受讓方，并指導受讓方試制出質量合格的連續3個生產批號的樣品，保證技術的實用性”，避免發生歧義。
以上三個階段是相互聯系，密不可分的，任何一個環節出現問題都將影響轉讓協議的簽訂和履行。企業決策者應當重視可行性研究和盡職調查工作，做出合理計劃和安排。
二、藥品技術轉讓方必須是藥品技術的真正所有者
藥品技術的證明文件包括《專利證書》、《新藥證書》、《藥品注冊批件》（“藥品批準文號”）、《進口藥品注冊證》和《醫藥產品注冊證》等，但持有這些證書，不必然證明藥品技術就是有效的和實用的。受讓方需要認真審查這些證書的所有權、實用性和法律狀態，以免造成協議無效或侵權糾紛。
由于《專利證書》和《新藥證書》可以是多個不同主體共同所有，且不限于藥品生產企業，因此，轉讓藥品專利申請權、藥品專利權或新藥技術時受讓方務必取得共同所有權人的書面同意。
《專利法》規定，“兩個以上單位或者個人合作完成的發明創造、一個單位或者個人接受其他單位或者個人委托所完成的發明創造，除另有協議的以外，申請專利的權利屬于完成或者共同完成的單位或者個人；申請被批準后，申請的單位或者個人為專利權人”。《藥品技術轉讓注冊管理規定》則規定，“對于僅持有《新藥證書》，但未取得藥品批準文號的新藥技術轉讓，轉讓方應當為《新藥證書》所有署名單位。對于持有《新藥證書》并取得藥品批準文號的新藥技術轉讓，轉讓方除《新藥證書》所有署名單位外，還應當包括持有藥品批準文號的藥品生產企業”。
與《專利證書》和《新藥證書》不同，《藥品注冊批件》（“藥品批準文號”）、《進口藥品注冊證》和《醫藥產品注冊證》按規定只頒發給某一個符合要求的藥品生產企業，非生產企業無權取得，故理論上不應當出現藥品技術權屬爭議。但實踐中，確實存在一些藥品研發機構或其他不具資質的單位假借生產企業名義提交藥品注冊申請，由生產企業“代為”取得藥品批準文號的情形，即通常說的“代落文號”行為。
由于這種“技術合作”明顯“違反法律、行政法規的強制性規定”，屬于無效法律行為，因此，“隱名”技術所有者的權益得不到法律保護，處理不當極易產生權屬和利益糾紛。所以，轉讓此類藥品技術時必須解決權利歸屬及合法性問題，簽訂協議時受讓方應當要求轉讓方書面保證技術權利沒有瑕疵或不存在潛在的糾紛。
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